Han meddelade sin avgång i ett uttalande på onsdagskvällen.
EU:s handelskommissionär Phil Hogan avgår
EU:s handelskommissionär och tidigare jordbrukskommissionär Phil Hogan avgår efter hård kritik mot att han bröt mot Irlands coronarestriktioner under ett besök där i början av augusti.
I uttalandet bad den irländske kommissionären åter Irlands folk om ursäkt för sina misstag. Men han underströk att han inte hade brutit mot irländsk lag, även om han borde ha följt irländska riktlinjer mer noggrant.
EU-kommissionens ordförande Ursula von der Leyen sade i ett separat uttalande att hon respekterade hans beslut.
Tidigare på onsdagen ville Ursula von der Leyen inte uttala sitt förtroende för Phil Hogan medan hon studerade ärendet.
På tisdagskvällen förklarade Irlands regering att Phil Hogan borde avgå.
Irlands regering ska nu utse en ny kommissionär, som måste godkännas av Europaparlamentet i vanlig ordning.
Dock är det Ursula von der Leyen som avgör fördelningen av arbetsuppgifterna mellan kommissionärerna från de 27 EU-länderna. Det är inte säkert att den nye irländske kommissionären kommer att få handelsportföljen.
Phil Hogan tog över som handelskommissionär den 1 december från Cecilia Malmström när den nya EU-kommissionen tillträdde. I den förra kommissionen var Phil Hogan jordbrukskommissionär.
EU:s handelskommissionär leder förhandlingar med EU:s handelspartner, för närvarande bland andra USA och Kina.